В качестве тренера начал работу в московском "Динамо" в 2004 году. С октября 2004 года занимал пост тренера основного состава команды. С 30 августа 2006 года по 27 апреля 2010 года — главный тренер "Динамо". В 2008 году под руководством Кобелева "Динамо" стало бронзовым призером чемпионата России по футболу.





