Для участия во второй лиге заявились клубы ФШМ и «Строгино»
В турнире второго дивизиона в сезоне 2013/14 годов могут появиться несколько новых футбольных клубов.
Всего ПФЛ получила 87 заявок от клубов на участие в турнире второй лиги. Из них от участников турнира сезона 2012/13 – 69. Не подали заявок на участие в первенстве футбольные клубы «Губкин» (Губкин), «Волгарь-Астрахань» (Астрахань), «Славянский» (Славянск-на-Кубани) и «Горняк» (Учалы).
От клубов-любителей поступило 12 заявок: «Торпедо-Владимир» (Владимир) «Строгино» (Москва), «Тосно» (Тосно), «Коломна» (Коломна), «Динамо-Брянск» (Брянск), «Академия футбола» (Тамбовской область), «Динамо» (Ростов-на-Дону), «ФШМ» (Москва), «Динамо-Старт» (Кострома), «СпортАкадемклуб» (Москва), «Спарта» (Сочи), «Витязь» (Крымск).
В результате Аттестационная комиссия выдала разрешение 76 футбольным клубам, пяти клубам отказано в выдаче аттестата. На решение Аттестационной комиссии подано две жалобы в Апелляционный комитет – клубами «Сибирь-2» (Новосибирск) и «Динамо-Барнаул» (Барнаул). Клубу из Барнаулу в выдаче аттестата отказано.
